相传800多年前，在今莱山大地上，一夜间来了一座小山（烟台莱山机场内马鞍山），当时取名“来山”，后因山上草木丛生，遂演变为莱山，由此得名建镇建区。

1994年7月国务院批准烟台市设立莱山区，与烟台高新技术产业园区实行“两区合一”体制，1994年12月莱山区正式成立；2008年12月烟台市单独设立高新区，对莱山区管辖范围进行了重新调整。